Fundación ENAIRE se constituyó en diciembre de 1994, bajo la denominación de Fundación Aena, con el objeto de cubrir una serie de iniciativas de promoción cultural, educativa y científica directamente relacionadas con los fines que la entonces entidad pública empresarial Aena (Aeropuerto Españoles y Navegación Aérea) tenía encomendados por ley, así como conservar, divulgar e incrementar el importante patrimonio artístico de la organización, en especial, su colección de arte contemporáneo.

Fruto del proceso de transformación experimentado por la entidad pública empresarial en los últimos años, y en base al Real Decreto Ley 8/2014, de 4 de julio, ésta pasaba a denominarse ENAIRE, diferenciándose jurídicamente de la sociedad mercantil estatal Aena.

Debido a estos cambios estructurales, la Fundación, como institución pública, ha continuado dependiendo de la entidad oficial matriz, adoptando desde 2016 la denominación oficial de Fundación ENAIRE.